El Museo del Virreinato forma parte de un amplio conjunto que fue al mismo tiempo lugar de culto y de estudios para los jesuitas y franciscanos que se instalaron en Tepotzotlán a partir del s. XVI. A medida que se visitan los diferentes edificios (iglesia de San Francisco Javier, claustro, capillas) iremos admirando las magníficas obras de arte y objetos cotidianos expuestos, que constituyen un verdadero tesoro de arte colonial.