Este museo contiene las colecciones de la universidad desde su fundación en 1636: piezas anatómicas y modelos de cera, instrumentos médicos (colecciones de odontología y oftalmología de la sección Open Depot), animales disecados, fósiles y esqueletos (sala de curiosidades), trajes de fiestas de estudiantes (exposición Maskerade)... Detrás del museo hay un jardín botánico (Oude Hortus) de 1724 con invernaderos.